T-FLEX CAD поддерживает работу с трёхмерными многофункциональными манипуляторами, совместимыми со стандартами Spaceball и SpaceMouse (например, фирмы 3Dconnexion). С помощью трёхмерных манипуляторов можно перемещать, вращать и масштабировать изображение в 3D окне.

Настройка параметров работы манипулятора в T-FLEX CAD (назначение клавиш, соответствие и чувствительность осей и др.) осуществляется с помощью стороннего приложения, поставляемого производителем манипулятора.